Gabinet Stomatologiczny
Protetyka, dentysta, stomatolog | Gabinet Stomatologiczny

Zespół Sturgea-Webera i plamy z wina porto spowodowane przez mutację somatyczną w GNAQ AD 3

Posted in Uncategorized  by admin
September 8th, 2018

W zestawie znalazły się próbki skóry z plamami z wina porto i wyraźnie normalnej skóry od uczestników z zespołem Sturge-Weber (23 próbki od 9 uczestników), próbki skóry z plamami z wina porto i wyraźnie normalnej skóry od uczestników bez Sturge- Zespół Webera (14 próbek od 13 uczestników), próbki tkanki mózgowej od osób z zespołem Sturge-Webera (50 próbek od 18 osób), próbki tkanki mózgowej od przypuszczalnie normalnych osób (kontrole, 6 próbek od 6 osób) i próbki tkanki mózgowej od osób z niespokrewnioną mózgową jamistą deformacją naczyniową (4 próbki od 4 osób). Sekwencjonowanie amplikonu i badanie wydłużenia pojedynczej bazy (analiza SNaPshot) zastosowano do zbadania każdej próbki tkanki pod kątem mutacji c.548G . A. Testowaliśmy swoistość SNaPshot przez testowanie tkanki mózgowej z 5 normalnych kontroli (dane nie pokazane). Gdy wykonano wielokrotne pobranie próbek z biopsji tkanki lub wielu testów sekwencjonowania, uznaliśmy, że uczestnik jest pozytywny pod względem mutacji, jeśli co najmniej próbka tkanki testowała wynik pozytywny (allel zmutowany .1%) i była ujemna, jeśli każda próbka tkanki miała wynik ujemny mutacja (zmutowany allel <1%). Sekwencjonowanie całego genomu
Genomowy DNA oczyszczono z par próbek dotkniętej tkanki i nietkniętej tkanki lub krwi od trzech uczestników (w sumie sześć próbek). Sekwencjonowanie całego genomu przeprowadzono na sekwenserze Illumina HiSeq 2000 do średniej głębokości pokrycia próbki od 33X do 51X. Szczegóły dotyczące przygotowania próbek i metod bioinformatycznych znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.
Ukierunkowane sekwencjonowanie amplikonów
Ekson GNAQ 4 i sąsiadującą sekwencję intronową amplifikowano za pomocą łańcuchowej reakcji polimerazy w dwuetapowej reakcji. Odczyty w parzystym końcu zostały wygenerowane za pomocą sekwensera Illumina MiSeq i zostały ocenione w pozycji c.548 dla wywołań bazowych obsługujących mutację c.548G . A. Próbki uznano za posiadające mutację, jeśli procent odczytów potwierdzających mutację przekroczył 1% (10-krotność oczekiwanej wartości bazowej wynoszącej 0,1%). Szczegóły dotyczące adapterów sekwencjonowania, kodów kreskowych i sekwencji starterów podano w Dodatku Uzupełniającym.
Plazmidy
Dwie specyficzne mutacje, c.548G . A (kodujące p.Arg183Gln) i c.626A . T (kodujące p.Gln209Leu), wprowadzono osobno do GNAQ z użyciem starterów do ukierunkowanej mutagenezy (tabela S4 w dodatkowym dodatku ). Jako plazmidy reporterowe do testu lucyferazy zastosowano plazmid odpowiedzi w surowicy (pSRE) -Luc (Agilent Technologies) i pSV40-RL (Roche).
Hodowla komórek i Western Blotting
Ludzkie zarodkowe nerkowe (HEK) lizaty komórek 293T analizowano metodą Western blot stosując standardowe metody
[przypisy: przeglądarka skierowań sanatoryjnych, endometrioza na jelitach, lek od alergii bez recepty ]

Tags: , ,

Komantarze do artykulu sa obecnie zamkniete, popros administratora strony o ich otwarcie jesli chcesz wziasc udzial w dyskusji pod artykulem. Kontakt do administracji w zakladce kontakt.(Mozliwe jest rowniez przeslanie propozycji tematow ktore mozemy uwzglednic w nastepnych naszych artykulach, bedziemy wdzieczni za wasze cenne sugestie i postaramy sie je wykorzystac przy kolejnych wpisach.)

Powiązane tematy z artykułem: endometrioza na jelitach lek od alergii bez recepty przeglądarka skierowań sanatoryjnych